Nato a Merano nel 1941, D’Andrea incomincia a suonare il piano a 17 anni.
Ad oggi, composto circa 200 brani e inciso oltre 200 dischi.
Prima del pianoforte, D’Andrea studia il sax soprano e la tromba. La sua attività professionale ha inizio nel 1963, con Nunzio Rotondo alla Rai di Roma. Nel 1964 incide il suo primo disco con Gato Barbieri, col quale collabora due anni. Nel 1968 forma, con Franco Tonani e Bruno Tommaso, il Modern Art Trio. Dal 1972 al 1977 suona con il gruppo jazz rock Perigeo. Nel 1978 forma un quartetto con Tino Tracanna, Attilio Zanchi e Gianni Cazzola. Al gruppo si uniscono nel 1986 il percussionista Luis Agudo, nel 1989 il percussionista Naco e il trombonista Glenn Ferris, e nel 1991 il vibrafonista Saverio Tasca. All’inizio del 1993 dà vita ad un nuovo trio, Current Changes, col trombettista David Boato e Naco. Il suo attuale quartetto comprende il sassofonista Andrea Ayassot, il bassista Aldo Mella e il batterista Zeno de Rossi. D’Andrea è anche alla guida di una formazione allargata a 11 elementi, Franco D’Andrea Eleven, e di un progetto speciale in trio, D’Andrea Three.

Nel corso della sua carriera ha suonato con musicisti quali Pepper Adams, Barry Altschul, Gato Barbieri, Don Byas, Conte Candoli, Jon Christensen, Palle Danielsson, Joe Farrell, Dexter Gordon, Johnny Griffin, Slide Hampton, Mark Helias, Daniel Humair, Jimmy Knepper, Lee Konitz, Steve Lacy, Dave Liebman, Albert Mangelsdorff, Hank Mobley, Jean Luc Ponty, Enrico Rava, Frank Rosolino, Max Roach, Aldo Romano, Martial Solal, John Surman, Toots Thielemans, Charles Tolliver, Miroslav Vitous, Kenny Wheeler, Fodé Youla (Africa Djolé), Ernst Reijseger, e molti altri. Ha effettuato tour in Francia, Svizzera, Austria, Germania Est e Ovest, Danimarca, Gran Bretagna, Spagna, Olanda, Belgio, Norvegia, Svezia, Finlandia, Polonia, Jugoslavia, Ungheria, Cecoslovacchia, Urss, Canada, Usa, Tunisia, Cameroun, Israele, Giappone e Australia. Franco D’Andrea insegna all’Accademia nazionale del Jazz di Siena e dirige i Mittel-european Jazz Workshop di Merano. Collabora inoltre con la Scuola Civica di Musica di Milano, nell’ambito dei Civici Corsi di Jazz.
Nel 2014 pubblica per Parco della Musica Records il doppio album “Monk and the time machine”, contemporaneamente ottiene la Carta Bianca come artista residente dall’Auditorium Parco della Musica di Roma.